蜈蚣卵生，雌体有孵卵育幼习性。野生蜈蚣繁殖期为6月中旬至8月中旬；产卵时间为6月中旬至7月上旬。成熟雌体每年产卵1次，人工无冬眠养殖有4次产卵现象。产卵前，雌体寻找、选择安全而适宜场所筑巢；其巢一般选筑在背风向阳、土质潮湿松软而不渍水的林间谷地或路边土坎、高岗陡坡上，或在树木或灌丛根部，少数筑在石块或瓦片下面。蜈蚣筑巢时，先用毒颚、口器和步足将土扒开，边扒边转身，用步足和身体将士向外推移，巢筑成后，常用松土从内部将巢口封闭，少数不封口。巢多呈椭圆球状，高约4cm，直径6～8cm，横径45～55cm，离地表3～30不等。
蜈蚣产卵时，将身体盘成“Ｓ”形，尾部翘在自身背部中段，卵粒一颗颗由生殖孔排出，落到背上。待卵全部排完后，母体则用头和身体的前部迅速向外侧转动、翻身，同时用步足将卵粒全部抱在怀中进行孵化。蜈蚣卵呈柠檬黄色，椭圆状，大小为4mm×3.5mm，卵膜透明，略有粘性。雌体每次产卵数量不等，平均为60粒。一般幼体孵化出的时间为16～17天，在孵化过程中，母体常用口器时行舔卵、润卵，并用步足配合口器进行翻卵，清除异物，使胚胎发育正常。刚孵出的蜈蚣幼体无独生活能力，仍需母怀抱保护下生活几天，然后母体方弃儿离巢，完成孵育。